Kế hoạch nâng công suất các kho dự trữ được triển khai từ năm 2010. Hệ thống kho được xây dựng tại 52 địa điểm thuộc 13 tỉnh, thành phố vùng Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) và TPHCM. Hệ thống kho tại 6 tỉnh, thành phố có sản xuất lúa hàng hóa tập trung, thuận tiện về giao thông và cơ sở hạ tầng, gồm: Cần Thơ, Long An, Tiền Giang, An Giang, Đồng Tháp, Kiên Giang chiếm 70% tổng tích lượng kho.

Khi hoàn thành, hệ thống kho hoạt động theo cơ chế cơ giới hóa và tự động hóa nhằm nâng cao năng suất lao động và kiểm soát các thông số kỹ thuật trong quá trình bảo quản. Trong đó, mức độ cơ giới hóa đạt 80%, còn 20% được tự động hóa.

Hệ thống kho chứa lúa có 2 loại chính là silô và kho khung thép tiền chế với hệ thống nhà kho và các thiết bị vận chuyển, sấy, xay xát lúa, đánh bóng gạo, bảo đảm thực hiện cả hai chức năng dự trữ lúa và gạo.

Việc nâng cấp, xây mới hệ thống kho nêu trên nhằm bảo đảm dự trữ, lưu thông 10 triệu tấn lúa/năm ở ĐBSCL trong khoảng thời gian tối đa là 6 tháng, bảo đảm thu mua hết lúa cho dân, giảm tổn thất sau thu hoạch, nâng cao hiệu quả sản xuất của người trồng lúa và nhà chế biến, xuất khẩu, chủ động điều tiết hoạt động sản xuất kinh doanh lúa gạo.